处理工程纠纷的方法是：
1、用连带责任制度对农民工工资给予特殊保护；
2、拖欠工程款应计利息，起算时间按不同情况计取；
3、拖欠工程款可顺延工期，但承包人必须事先发过书面催告；
4、发包人逾期不答复承包人提交的结算报告将被视为已经确认；
5、造价鉴定应依法有序进行，人民严格控制和审核鉴定结论。
【法律依据】
《民法典》第七百八十九条
建设工程合同应当采用书面形式。
第八百零七条
发包人未按照约定支付价款的，承包人可以催告发包人在合理期限内支付价款。发包人逾期不支付的，除根据建设工程的性质不宜折价、拍卖外，承包人可以与发包人协议将该工程折价，也可以请求人民将该工程依法拍卖。建设工程的价款就该工程折价或者拍卖的价款优先受偿。
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